From 572f10a9e4319477c065fc7858f1e19bbd9478d0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ndwarshuis Date: Thu, 29 Jul 2021 13:46:05 -0400 Subject: [PATCH] ADD luminex doe figure --- figures/doe_luminex.svg | 24819 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ tex/thesis.tex | 57 +- 2 files changed, 24853 insertions(+), 23 deletions(-) create mode 100644 figures/doe_luminex.svg diff --git a/figures/doe_luminex.svg b/figures/doe_luminex.svg new file mode 100644 index 0000000..fb39bf7 --- /dev/null +++ b/figures/doe_luminex.svg @@ -0,0 +1,24819 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + MIP_1a + + + + + + + + + + + + + + + + MIP_1b + + + + + + + + + + + + + + + + OSM + + + + + + + + + + + + + + + + TNFa + + + + + + + + + + + + + + + + TNFb + + + + + + + + + + + + + + + + IL8 + + + + + + + + + + + + + + + + IL9 + + + + + + + + + + + + + + + + LIF + + + + + + + + + + + + + + + + MCP_1 + + + + + + + + + + + + + + + + MIF + + + + + + + + + + + + + + + + IL3 + + + + + + + + + + + + + + + + IL31 + + + + + + + + + + + + + + + + IL4 + + + + + + + + + + + + + + + + IL5 + + + + + + + + + + + + + + + + IL6 + + + + + + + + + + + + + + + + IL17a + + + + + + + + + + + + + + + + IL2 + + + + + + + + + + + + + + + + IL21 + + + + + + + + + + + + + + + + IL23 + + + + + + + + + + + + + + + + IL2R + + + + + + + + + + + + + + + + IL10 + + + + + + + + + + + + + + + + IL12p70 + + + + + + + + + + + + + + + + IL13 + + + + + + + + + + + + + + + + IL15 + + + + + + + + + + + + + + + + IL16 + + + + + + + + + + + + + + + + APRIL + + + + + + + + + + + + + + + + BAFF + + + + + + + + + + + + + + + + GM_CSF + + + + + + + + + + + + + + + + IFN_alpha + + + + + + + + + + + + + + + + IFN_gamma + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 6 + 8 + 10 + 12 + 14 + + + + + + + + + + + + 0 + 3000 + 6000 + 9000 + 12000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 200 + 400 + 600 + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 50000 + 100000 + 150000 + 200000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 50 + 100 + 150 + 200 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 90 + 100 + 110 + 120 + 130 + 140 + 150 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 1000 + 2000 + 3000 + 4000 + 5000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 4 + 8 + 12 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 10 + 20 + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 10 + 20 + 30 + 40 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 200 + 400 + 600 + 800 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 100 + 200 + 300 + 400 + 500 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 500 + 1000 + 1500 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 10000 + 20000 + 30000 + 40000 + 50000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 2500 + 5000 + 7500 + 10000 + 12500 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 100 + 200 + 300 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 200 + 400 + 600 + + + + + + + + + + + + + + + + + + 200 + 400 + 600 + 800 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 100 + 200 + 300 + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 5 + 10 + 15 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0.0 + 2.5 + 5.0 + 7.5 + 10.0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 500 + 1000 + 1500 + 2000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 10 + 20 + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 1000 + 2000 + 3000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 30000 + 60000 + 90000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 100 + 200 + 300 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 300 + 600 + 900 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 100 + 200 + 300 + 400 + 500 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 1000 + 2000 + 3000 + 4000 + 5000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 3000 + 6000 + 9000 + 12000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 + 3000 + 6000 + 9000 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Time (days) + + + + Concentration (pg/ml) + + + + + + + + + + + + + + + + Method + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + bead + + + + + + + DMS + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tex/thesis.tex b/tex/thesis.tex index a16d82a..c732626 100644 --- a/tex/thesis.tex +++ b/tex/thesis.tex @@ -1946,6 +1946,29 @@ provide these benefits. \subsection{study design} +\begin{figure*}[ht!] + \begingroup + + \includegraphics{../figures/modeling_overview.png} + \phantomsubcaption\label{fig:mod_overview_flow} + \phantomsubcaption\label{fig:mod_overview_doe} + + \endgroup + \caption[Modeling Overview] + {Overview of modeling experiments. + \subcap{fig:mod_overview_flow}{Relationship + between \gls{doe} experiments and AI driven prediction. \glspl{doe} will + be used to determine optimal process input conditions, and longitudinal + multiomics data will be used to fit predictive models. Together, these + will reveal predictive species that may be used for \glspl{cqa} and + \glspl{cpp}.} + \subcap{fig:mod_overview_doe}{Overview of the two \gls{doe} experiments; the + initial \gls{doe} is given by the blue points and the augmented \gls{doe} + is given by the blue points.} + } + \label{fig:mod_overview} +\end{figure*} + The first DOE resulted in a randomized 18-run I-optimal custom design where each DMS parameter was evaluated at three levels: IL2 concentration (10, 20, and 30 U/uL), DMS concentration (500, 1500, 2500 carrier/uL), and functionalized @@ -2206,29 +2229,6 @@ Venn diagram from the venn R package. \input{../tables/doe_runs.tex} \end{table} -\begin{figure*}[ht!] - \begingroup - - \includegraphics{../figures/modeling_overview.png} - \phantomsubcaption\label{fig:mod_overview_flow} - \phantomsubcaption\label{fig:mod_overview_doe} - - \endgroup - \caption[Modeling Overview] - {Overview of modeling experiments. - \subcap{fig:mod_overview_flow}{Relationship - between \gls{doe} experiments and AI driven prediction. \glspl{doe} will - be used to determine optimal process input conditions, and longitudinal - multiomics data will be used to fit predictive models. Together, these - will reveal predictive species that may be used for \glspl{cqa} and - \glspl{cpp}.} - \subcap{fig:mod_overview_doe}{Overview of the two \gls{doe} experiments; the - initial \gls{doe} is given by the blue points and the augmented \gls{doe} - is given by the blue points.} - } - \label{fig:mod_overview} -\end{figure*} - \begin{figure*}[ht!] \begingroup @@ -2269,6 +2269,17 @@ Venn diagram from the venn R package. % TODO this section header sucks \subsection{AI modeling reveals highly predictive species} +\begin{figure*}[ht!] + \begingroup + + \includegraphics{../figures/doe_luminex.png} + + \endgroup + \caption[Cytokine release profile of T cells from DOE] + {T cells show robust and varying cytokine responses over time} + \label{fig:doe_luminex} +\end{figure*} + Due to the heterogeneity of the multivariate data collected and knowing that no single model structure is perfect for all applications, we implemented an agnostic modeling approach to better understand these TN+TCM responses. To