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+ Donor 2 Donor 4 Donor 1 DMS Bead CCR7 - APC CD62L - PE Donor 2 Donor 4 Donor 1 DMS Bead
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+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/tex/thesis.tex b/tex/thesis.tex
index 83996ef..2fe953e 100644
--- a/tex/thesis.tex
+++ b/tex/thesis.tex
@@ -139,6 +139,8 @@
\newcommand{\subcap}[2]{\subref{#1}) #2}
+\newcommand{\sigkey}{Significance test key: *p<0.1; **p < 0.05; ***p<0.01}
+
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% ditto for environments
@@ -992,11 +994,32 @@ context of pure error). Statistical significance was evaluated at $\upalpha$ =
\label{fig:dms_cells}
\end{figure*}
-% 3-donor expansion figure
+% TODO add this to the methods section
+% TODO double check the timing of this experiment (it might not be day 14)
+% TODO provide the regression results and coefficients from this
+\begin{figure*}[ht!]
+ \begingroup
+
+ \includegraphics{../figures/dms_inside.png}
+ \phantomsubcaption\label{fig:dms_inside_bf}
+ \phantomsubcaption\label{fig:dms_inside_regression}
+
+ \endgroup
+ \caption[A subset of T cells grow in interior of \glspl{dms}]
+ {A percentage of T cells grow in the interior of \glspl{dms}.
+ \subcap{fig:dms_inside_bf}{T cells stained dark with MTT after growing on
+ either coated or uncoated \glspl{dms} for 14 days visualized with
+ brightfield microscope.}
+ \subcap{fig:dms_inside_regression}{Linear regression performed on T cell
+ percentages harvested on the interior of the \glspl{dms} vs the initial
+ starting cell density.}
+ }
+ \label{fig:dms_inside}
+\end{figure*}
+
\subsection{DMSs lead to greater expansion and memory and CD4+ phenotypes}
-% TODO add significance tests to this
\begin{figure*}[ht!]
\begingroup
@@ -1019,12 +1042,29 @@ context of pure error). Statistical significance was evaluated at $\upalpha$ =
\subcap{fig:dms_exp_mem}{\ptmem{} cells},
\subcap{fig:dms_exp_cd4}{\pth{} cells},
\subcap{fig:dms_exp_mem4}{\ptmemh{} cells}, and
- \subcap{fig:dms_exp_mem8}{\ptmemk{} cells}
+ \subcap{fig:dms_exp_mem8}{\ptmemk{} cells}. \sigkey{}
}
\label{fig:dms_exp}
\end{figure*}
-% phenotype flow plots
+% TODO this figure has weird proportions
+\begin{figure*}[ht!]
+ \begingroup
+
+ \includegraphics{../figures/dms_phenotypes.png}
+ \phantomsubcaption\label{fig:dms_phenotype_mem}
+ \phantomsubcaption\label{fig:dms_phenotype_cd4}
+
+ \endgroup
+ \caption[Representative flow plots of \ptmem{} and \pth{} T cells]
+ {Representative flow plots of \ptmem{} and \pth{} T cells at day 14 of
+ expansion using either beads or \glspl{dms}. For three representative donor
+ samples, phenotypes are shown for \subcap{fig:dms_phenotype_mem}{\ptmem{}}
+ and \subcap{fig:dms_phenotype_cd4}{\pth}. Each population was also gated on
+ \cdp{3} T cells.
+ }
+ \label{fig:dms_phenotype}
+\end{figure*}
\subsection*{DMSs can be used to produce functional CAR T cells}